Nakon kirurškog liječenja potrebno je provesti dodatnu terapiju medikamentozno. Ovaj način liječenja se odnosi na aplikacije kemo- ili imunoterapijskih lijekova kateterom u mokraćni mjehur (intravezikalna terapija). Vrsta lijeka, doza i vrijeme apliciranja lijeka ovisi o karakteristikama tumora. Stoga je potrebno, u ovisnosti o kliničkom, operacijskom i patohistološkom nalazu, tumor bolesnika svrstati u određenu kategoriju rizika s ciljem što racionalnije intravezikalne terapije. Pojam "rizik" odnosi se na učestalost recidiva i mogućnost progresije bolesti.
Danas se preporučuje svakom bolesniku kod kojeg operater procijeni da se radi o površinskom karcinomu, unutar 24 sata od operacije (TUR) u mjehur aplicirati mitomicin C (MMC), epirubicin ili doksorubicin u jednoj dozi. Iako u praksi ne dijele svi liječnici to mišljenje, analize pokazuju da takva terapija smanjuje učestalost recidiva, a aplicira se dok još nemamo histološki nalaz pa ne možemo tumor kategorizirati. Zbog mogućnosti komplikacija, takav postupak izbjegavamo samo u slučajevima vrlo opsežne resekcije, jačeg krvarenja ili perforacije mjehura.
Bolesnici s tumorom NISKOG rizika (TaG1/2-tumor) najčešće ne zahtijevaju nikakvu drugu terapiju sve do prve kontrolne cistoskopije za 3 mjeseca nakon TUR-a. Primjena jedne doze bilo kojeg od gorenavedenih lijekova ovisi o izboru operatera budući da praksa nije identična svuda u svijetu. Neposredna aplikacija jedne doze značajnije će smanjiti učestalost recidiva kod bolesnika sa solitarnim (jednim) nego multiplim tumorima.
Bolesnici s tumorima VISOKOG rizika (svi tumori T1 osobito multifokalni, svi G3-tumori, CIS) predstavljaju posebnu skupinu, kojoj više prijeti opasnost od progresije bolesti u mišićnoinfiltrativni oblik raka nego od same činjenice recidiviranja. Stoga je cilj liječenja prevenirati progresiju pa je potrebno ponoviti TUR unutar 6 tjedana bez ikakve ranije intravezikalne terapije. Nakon nalaza ponovljenog TUR-a indicira se daljnji oblik liječenja. Intravezikalno liječenje, ako u ponovljenom TUR-u nema infiltracije mišićnog sloja, provodi se oslabljenim BCG-cjepivom, tj. cjepivom protiv tuberkuloze. Terapija započinje najranije 2 tjedna od posljednjeg TUR-a. Cilj je takve terapije prouzročiti tuberkuloznu upalu mokraćnog mjehura koja imunološki smanjuje učestalost recidiva i, najvažnije, progresije bolesti. Najčešće se daje 6 doza BCG-a tijekom 6 tjedana. Produljeni oblik terapije održavanja počinje sa 6 instilacija kroz 6 tjedana, a da bi se smanjio rizik progresije bolesti potrebno je nastaviti daljnjim ali rjeđim instilacijama kroz minimalno godinu dana.
Bolesnici SREDNJEG stupnja rizika predstavljaju sve ostale tumore i čine vrlo heterogenu skupinu. To su bolesnici s multifokalnim, brzorecidivirajućim, opsežnim tumorima niskog ili srednjeg malignog potencijala. U ovoj skupini rizik recidiviranja tijekom 5 godina je oko 6%, a progresije negdje oko 50%. U skupini bolesnika s navedenim formama tumora koriste se jednako često intravezikalni oblik citotoksične kemoterapije kao i BCG, budući da u ovih bolesnika BCG nije nedvojbeno pokazao svoju superiornost u pogledu prevencije progresije bolesti. U svakom slučaju i ovdje se preporučuje korištenje produljene sheme terapije održavanja kroz najmanje 12 mjeseci, iako postoje i stavovi prema koji je dovoljan jedan indukcijski ciklus od 6 tjednih instilacija do prve kontrole. Izgleda da je BCG, unatoč svojim nedostacima, i dalje najčešće korišten lijek za intravezikalnu imunoterapiju.
BCG-imunoterapija, iako čini se najdjelotvornija, ima i svoje neželjene efekte. Gotovo redovito dolazi do razvoja simptoma upale mjehura, a u muškaraca i nastanka epididimitisa i/ili prostatitisa. To može biti praćeno oskudnijim ili intenzivnijim krvarenjem te razvojem temperature. Lokalne reakcije su češće, blaže u intenzitetu i manje opasne, a mogu se ublažiti istodobnim uzimanjem fluoriranih kinolona, nesteroidnih antireumatika i spazmolitika uz mnogo tekućine. U slučaju jačeg krvarenja i pojave visokog febriliteta potrebno je smanjiti dozu ili preskočiti planiranu aplikaciju BCG-a, što neće umanjiti njegovu djelotvornost. Ipak, preko 90% bolesnika bez znatnijih teškoća podnosi inicijalni ciklus od 6 instilacija. Sustavne reakcije organizma mogu dovesti i do potencijalno vitalnougrožavajuće sepse, što je opisano u manje od 1% slučajeva.
Uobičajena procedura kontrole bolesnika je cistoskopija svaka 3 mjeseca tijekom prve dvije godine, a ako nema recidiva potom svakih 6 mjeseci daljnje dvije godine. Bolesnici s tumorima visokog rizika zahtijevaju doživotne kontrole. Pojava recidivnog tumora na prvoj kontrolnoj cistoskopiji, a osobito i na drugoj, loš je prognostički znak iako će oko 50% bolesnika s recidivom povoljno reagirati na drugi ciklus BCG-imunoterapije.
Većina urologa, a osobito bolesnici, nastoje ponavljanim TUR-om i intravezikalnom terapijom što dulje očuvati prirodni mjehur. Ako se radi o bolesniku visokog rizika koji nije povoljno reagirao na ponovljeni ciklus BCG-a ili terapija održavanja nije postigla izlječenje za 6 mjeseci, potrebno je indicirati cistektomiju i neku od vrsta derivacija urina imajući na umu sve okolnosti koje prate donošenje takvih kompleksnih odluka. Pri tome je važno napomenuti kako je prognoza mišićnoinfiltrativnih tumora (T≥2) koji nastaju progresijom iz površinskog lošija od onih koji su od prve dijagnoze već mišićnoinfiltrativni, a uzrok se vjerojatno nalazi u predugom odlaganju radikalnog kirurškog liječenja.