Većinu ulkusa uspješno liječimo lijekovima. Početni korak je utvrditi infekciju Helicobacterom pylori ili otkloniti prekomjernu upotrebu nesteroidnih antireumatika.
Na žalost još ne postoji jedinstveni lijek kojim se liječi infekcija Helicobacterom pylori. Za sada je preporuka da se liječenje provodi s dvije vrste antibiotika i antisekretornim lijekom (lijekovi koji blokiraju lučenje solne kiseline) u trajanju od sedam do deset dana. Ovakav tretman osigurava izlječenje u 90% bolesnika. Ovdje se mora naglasiti da uspjeh liječenja najviše ovisi o suradnji bolesnika, koji treba uzimati propisanu terapiju u pravilnom ritmu i dovoljno dugo, sukladno liječničkoj preporuci. Po završenoj terapiji eradikacije Helicobacter pylori, kod većine bolesnika potrebno je nastaviti antisekretornu terapiju još četiri do šest tjedana. Ova grupa lijekova dijeli se u dvije osnovne grupe.
Najbolji su takozvani inhibitori protonske pumpe (omeprazol, pantoprazol), te druga manje potentna, ali i dalje vrlo efikasna grupa, blokatori H2-receptora (ranitidin). Ostali lijekovi se rjeđe koriste.
Postoje brojne mjere koje možemo sami poduzeti u cilju bržeg cijeljenja ulkusa, te njegovoj prevenciji. To su prestanak pušenja i konzumiranja alkohola za vrijeme aktivne faze bolesti, napori u cilju reduciranja stresa, te trajne konzultacije s liječnikom ako je medicinski opravdana upotreba nesteroidnih antireumatika.
Bolesnici kod kojih je došlo do povlačenja simptoma nakon terapije, ne zahtijevaju dodatno kontroliranje. Izuzetak su pacijenti s razvijenim komplikacijama (krvarenje ili perforacija) kod kojih dva mjeseca nakon završene terapije provjeravamo status infekcije Helicobacterom pylori. Za razliku od duodenalnih ulkusa, koje ne treba endoskopski kontrolirati, ulkuse želuca moramo endoskopski pratiti do potpunog izlječenja. Obavezno mjesec dana nakon inicijalne endoskopske verifikacije ulkusa želuca radi se nova gastroskopija u cilju provjere uspješnog zacjeljenja ulkusa i isključenja karcinoma.
Produženi nastavak antiulkusne terapije individualno se procjenjuje od strane gastroenterologa. To su bolesnici kod kojih postoji visoki rizik za ponovni razvoj ulkusa (već doživljene komplikacije ulkusne bolesti) ili oni kod kojih dolazi do učestalih periodičnih ponavljanja bolesti.